藥物治療甲亢具有療效肯定，一般不會引起永久性甲亢，同時方便，而且經濟，比其他兩種方法要安全等優點，仍是治療甲亢常用的一種方法，常用于治療甲亢的藥物有：

治療甲亢的藥物一、他巴唑(甲硫咪唑)

該藥的藥理作用與丙基硫氧嘧啶相似，但其藥效比丙基硫氧嘧啶強。不過，患者在控制期使用該藥時，若用量過大，會出現甲狀腺腫大和突眼癥狀加重的情況，因此，一定要科學合理地服用此藥。他巴唑的用法：

在控制期，每次口服10毫克，每日服3次。待患者的甲亢癥狀得以緩解、甲狀腺功能恢復正常后，可進入減量期。

在減量期，每次口服10毫克，每日服2次。

在維持期，每次口服10～15毫克，每日服1次。每個階段持續的時間與上文所談相同。

治療甲亢的藥物二、甲狀腺素片

服用甲狀腺素片可以預防甲亢患者因過量地使用抗甲狀腺藥物而引起的甲狀腺功能減退或甲狀腺再度腫大等病癥，可以預防甲亢患者病情復發及突眼癥狀加重。

此藥需在服用抗甲狀腺藥物2周后開始使用，用法是每次口服20～40毫克，每日服1次。由于甲狀腺素片中三碘甲狀腺原氨酸(T3)和四碘甲狀腺原氨酸(T4)的含量比例是11∶12，而人體甲狀腺組織中分泌T3和T4的比例是1∶9，T3和T4在人體內的吸收率分別為95%和40%，所以長期服用甲狀腺素片會使甲亢患者血液中的T3含量增高。因此，目前提倡用左旋甲狀腺素鈉(優甲樂)代替甲狀腺素片，以避免這種情況的發生。左旋甲狀腺素鈉的用法：每次口服20～40微克，每日服1次。

服用抗甲狀腺藥物后1～2個月內會導致患者血液中的白細胞數量明顯減少，因此患者在使用藥物治療期間，每隔1～2周就應檢查一下血液中白細胞的數量。